物种的系统发育树可以展现地球上现存物种间的进化关系。与之类比，在微观尺度上，细胞谱系树可以描述一个生物个体所有细胞的亲缘关系。解析单个受精卵后代细胞间谱系关系对于理解发育生物学问题具有重要意义。近年来，随着高通量测序技术的发展，体细胞的突变信息被用于细胞谱系追踪，但细胞基因组本底复制突变率极低，往往依赖于昂贵的单细胞全基因组测序才能获得足够的谱系突变，这限制了谱系追踪记录的细胞数量。因此，研究者着力于发展基于外源高效突变的DNA条形码技术(DNA barcoding)，在DNA条形码上靶向制造突变并使用该突变来记录细胞分裂的谱系历史。然而目前，发育生物学研究的重要模式生物斑马鱼仍缺乏高效...

在成熟的多细胞生物体内，具有特定功能的细胞群通常源自于一组祖先细胞。细胞群体的谱系多样性是由这些祖细胞的数量决定的，因此估计祖先细胞群体数量是发育生物学的重要研究问题之一。而传统的研究手段主要依赖于组织特异性的启动子介导报告基因的表达，进而对目标细胞群体进行计数。这一类研究手段的可靠性高度依赖于启动子的选择，其中，启动子的组织特异性与时空表达动态都会使估计结果产生偏差。

2024年2月20日，中山大学生命科学学院贺雄雷课题组在Nature Methods上发表了一篇题为A statistical method for quanti...

近日，中山大学生命科学学院贺雄雷教授团队在Science Bulletin发表了专家展望文章，分析了进化生物学与群体遗传学的研究方法阐明多细胞生物的胚胎发育过程的可能性。该文章讨论了如何将关注随机性的进化生物学理论与关注确定性的发育生物学问题进行融合。并且，在高分辨率细胞谱系数据不断积累的今天，该文章对这种融合为多细胞生物的发育过程的计量化与理论化提供的新思路进行了展望。中山大学贺雄雷教授为该文章的通讯作者，邓善俊博士为第一作者。

所有生物种类均源自一个共同的祖先。它们的进化历史可以被呈现为一种树状结构，也即所谓的物种树。在这颗树上，根代表着这个共同的祖先，分支则...

    2023年4月14日下午，中国科学院广州生物医药与健康研究院彭广敦研究员应学院邀请，作为逸仙生命讲坛第三十七讲的主讲嘉宾，作了题为《The molecular architecture and tissue lineage of embryo development revealed by spatial multiomic》的学术报告。本期讲坛在南校园生命科学楼2号楼801会议室举行，由贺雄雷教授主持，六十余名师生聆听了彭广敦老师的精彩报告。

    近些年来，彭广敦老师团队聚焦于多能干细胞...

    2023年4月14日下午，西湖大学裴唯珂研究员应学院邀请，作为逸仙生命讲坛第三十六讲的主讲嘉宾，作了题为《单细胞谱系示踪解码细胞命运与器官发育》的学术报告。本期讲坛在南校园生命科学楼2号楼801会议室举行，由贺雄雷教授主持，六十余名师生聆听了裴唯珂老师的精彩报告。

    近些年来，裴唯珂实验室致力于开发新一代单细胞示踪技术，解析血液与免疫系统的发育与再生，研究肿瘤、感染、衰老等胁迫条件下多种免疫细胞的响应和调控机制。并通过与其他实验室紧密合作，探索多种复杂实体器官（如大脑、胚胎）的发育机制。...

        自COVID-19爆发以来SARS-CoV-2的起源一直争论不休，其中一个主要原因是迄今为止发现与SARS-CoV-2最接近的近亲RaTG13，与SARS-CoV-2只有96.1%的核苷酸相似性。而本世纪爆发的前两次冠状病毒（2003年的SARS和2012年的MERS），均在野生动物中发现了一种与致病病毒具有99%以上核苷酸相似性的密切相关病毒。到底SARS-CoV-2的自然宿主是什么呢？与那些病毒株的亲缘关系更近呢？

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        物种的系统发育树可以展现地球上现存物种间的进化关系。微观尺度上，一个生物个体所有细胞的亲缘关系可以用细胞谱系树来描述。细胞谱系对于理解多细胞生物的胚胎发育、细胞类型的分化、器官的维持与衰老等生理病理过程具有重要意义，是分子进化生物学与发育生物学的交叉前沿。1983年，John Sulston等人利用显微镜观察并记录了秀丽隐杆线虫胚胎发育过程671细胞的分裂历史，首次获得一个多细胞生物完整的细胞谱系树【1】。随后放射性元素、酶和荧光标记等方法也逐渐应用于细胞亲缘关系的追踪，但效果欠佳...

        2020年12月10日上午，水木清华生命科学讲座邀请中山大学生命科学学院贺雄雷教授为师生做了题为“自然选择对表型的几何维度的决定作用”（The amazing geometry in genetics built by natural selection）的学术报告。报告在清华大学医学科学楼B323会议室举行，由药学院PI谭旭主持。

        贺雄雷教授的讲述主要分为三个部分，...

        近日，中山大学生命科学学院院贺雄雷教授及刘黎博士受邀为Science撰写观点文章（Perspective）Toward a prospective molecular evolution在线发表，通过介绍爱丁堡大学和密歇根大学的两项研究，探讨了前瞻性分子进化研究（Prospective molecular evolution）。

        目前分子进化研究完全针对经过自然选择固定...