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Microbial RNA Systems Biology Unit

Intro block 微生物学,RNA生物学

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Introduction to the laboratory

       中国科学院上海免疫与感染研究所是中国科学院直属独立法人研究机构,原名中国科学院上海巴斯德研究所 (Institut Pasteur of Shanghai)。研究所聚焦于病原微生物基本生命活动规律、重大传染性疾病的致病机制等关键科学问题,开展基础与转化型研究,服务全球公共健康。上海免疫与感染研究所具有完善的病原生物学、免疫学、疫苗学学科布局,拥有先进的科研装备与设施,是活跃在全球传染病防控领域的一支重要力量,是国际高端人才引进、一带一路科技合作与人才培养的重要基地和窗口。

        课题组长晁彦杰博士于2020年10月回国加入中国科学院上海免疫与感染研究所、健康发育与微生物学国际研究中心(CMDH),任研究员、课题组长、博士生导师,入选各级人才计划,现主持国家重点研发计划国际合作项目、国家重点研发计划十四五项目子课题、国家自然科学基金面上项目、中科院国合局重点项目、上海市自然科学基金等多个科研项目。在Nature, Molecular Cell, EMBO J, EMBO Mol Medicine, Emerging Microbes & Infections, Trends in Microbiology等杂志发表多篇高影响力论文,受到杂志点评和F1000prime专家推荐,累计引用超过6000次。兼任EMBO J、NAR、mBio等30多家领域权威期刊的审稿专家和BMC Genomics等多家杂志编委。

        晁彦杰博士毕业于德国洪堡大学/马普感染生物学研究所,2014-2016在德国维尔茨堡大学、德国与欧盟科学院院士Jörg Vogel实验室进行博士后研究,2016-2020在美国波士顿HHMI/塔夫茨大学医学院进行博士后研究。长期从事病原微生物学和非编码RNA方向的研究,目标为阐释微生物基因表达和调节的分子机制,了解人体共生微生物和病原性细菌定植和感染的过程和机理。通过开发和利用先进的高通量测序技术和系统生物学分析方法,近年来发现并详细鉴定了一类新型的非编码小RNA(来自于细菌信使mRNA的3'非翻译区),致力于对此类小RNA的产生机制和微生物中的RNA代谢过程进行系统性地深入探索。另外,晁彦杰博士参与的RNA工作在细菌中首次发现了II型CRISPR-Cas9免疫防御系统,基于该系统开发的Cas9基因编辑工具革命性地推动了真核生物的基因组编辑,获得了2020年诺贝尔化学奖的认可。

 

       目前本实验室有多个博后和科研助理职位空缺,常年招收实习生与研究生,欢迎对微生物感染与RNA研究感兴趣的博士、硕士、联合培养研究生申请加入实验室,生信分析/实验均可!(申请方法与职位详情参见研究所招聘信息页1招聘信息页2,或通过电子邮件直接联系PI)

关键词:病原微生物,人体微生物,非编码RNA,RNA互作组,RNA结合蛋白,RNA测序,Tn-seq,细菌致病机制,压力应激反应

课题组英文网站:https://yanjiechao.wordpress.com

上海免疫与感染研究所:http://www.ips.ac.cn

 

相关新闻报道:

【文汇报】博士期间参与诺奖成果奠基性实验,这个中国小伙完成了“基因剪刀”关键一环

【解放日报-上海观察】“基因剪刀”的两个“刀把”是怎样发现的?他是直接参与该研究的中国人

【新华网】 晁彦杰:第三代“基因剪刀”CRISPR较前两代技术更具优势

【新华网】“解读科学类诺贝尔奖系列讲坛”第三场开讲

【看看新闻】晁彦杰解读2020年诺贝尔化学奖视频资料

中国科学院上海免疫与感染研究所—晁彦杰课题组诚聘博士后(长期有效)[置顶]

中国科学院上海免疫与感染研究所——晁彦杰课题组招聘博士后

【单位介绍】

中国科学院上海免疫与感染研究所是中国科学院直属独立法人研究机构,原名中国科学院上海巴斯德研究所 (Institut Pasteur of Shanghai)。研究所聚焦病原微生物基本生命活动规律、重大传染性疾病的致病机制等关键科学问题,开展基础与转化型研究,服务全球公共健康。上海巴斯德研究所具有完善的病原生物学、免疫学、疫苗学学科布局,拥有先进的科研装备与设施,是活跃在全球传染病防控领域的一支重要力量,是国际高端人才引进、一带一路科技合作与人才培养的重要基地和窗口。

【导师介绍】

晁彦杰研究员(PI),国家级高层次青年人才。本科和硕士毕业于华中农业大学,2014年博士毕业于德国洪堡大学和马克思-普朗克研究所。博士后在德国维尔茨堡大学医学院、美国霍华德-休斯医学研究所和塔夫茨大学医学院从事RNA与病原微生物方向的研究。晁彦杰博士首次发现了微生物中mRNA剪切加工形成的非编码RNA,分析鉴定了多个沙门氏菌感染相关的新型非编码RNA,参与完成了 II型CRISPR-Cas9的最初发现与鉴定工作。在Nature, Molecular Cell, EMBO J, PNAS等刊物发表30余篇高影响力论文,多次受到期刊或F1000prime的专家推荐,被引用超过6500次,任EMBO J、NAR、mBio等30多个主流期刊审稿人和BMC Genomics杂志编委。

晁彦杰课题组主要开展人体共生菌和病原性细菌的定植、致病与耐药过程和机制研究,利用小RNA测序,CLIP-seq,Tn-Seq等先进手段分析微生物mRNA转录加工,非编码RNA调节机制,新型RNA结合蛋白质的鉴定与功能。课题组承担国家重点研发计划、国家自然科学基金、中国科学院院等多项人才计划与科研项目,经费充足,诚邀全国各地优秀博士毕业生入站进行博士后研究!

【招聘岗位】

博士后(2023YC-PD)

【工作内容】

  1. 建立或运用各种RNA测序等高通量技术分析微生物基因转录表达与小RNA组;
  2. 发现与鉴定重要肠道共生菌或病原菌中的非编码RNA及其调控功能;
  3. 申请相关科学基金。

【任职条件】

  1. 对科研具有浓厚兴趣,具有较强的动手能力和英文读写能力;
  2. 年龄不超过35周岁,已经或即将获得微生物学、病原生物学或分子生物学等相关专业博士学位;
  3. 以第一作者身份发表过或即将发表高水平研究论文;
  4. 拥有RNA或测序相关研究经历,或者生信分析能力者优先考虑。

【应聘材料】

  1. 中英文个人简历
  2. 求职信(包括研究方向及兴趣)
  3. 至少两封推荐信(其中一份由博士生导师出具) 
  4. 学历学位证书、身份证、近期免冠2寸证件照、专业技能证书等扫描件(整合为一个PDF文件)

 

请将应聘材料通过电子邮件发至yjchao [at] ips.ac.cn,邮件主题请注明应聘岗位及编号。如需了解更多课题组的信息,请访问http://www.ips.ac.cn。

 

本岗位自发布招聘启事之日起截至招满为止。初审合格后,将通知面试,择优录用,按中国科学院和上海市的标准提供有竞争力的薪酬待遇。

欢迎2023级新生进入课题组学习!

热烈欢迎2023级硕博新生张至译同学和王茂淋同学加入我们课题组进行轮转学习,希望两位在两个月的轮转期间能够迅速融入,快乐学习,收获满满!

热烈欢迎2023级专业硕士生姜宏年加入团队进行课题研究,希望勤于思考,努力实验,早出成果!

祝贺CpxR论文接受和Rof论文预印本在线发表!

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