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简介 环境土壤学

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转录组学(罗子佩)
10 月 之前
转录组:是指特定组织或细胞在某一阶段或状态下转录出来的所有RNA的集合,狭义上是指mRNA
目的:通过该分析可以得到某条件下差异表达基因表达的有用信息

实验可通过专业公司去做,结果分析主要在他们的云平台上,例如美吉云平台,里面会有详细的教程和视频,我们主要对得到的差异表达基因进行可视化分析。筛选潜在的表达通路最主要的途径为GO和KEGG富集分析,可快速帮助我们锁定目标,继而从云平台下载数据,在origin等软件上画图,会比直接在云平台上画图好看很多。但若要获得更多信息,可通过云平台查阅相关基因的文献,这就需要花费精力查找基因,并阅读文献来分析想要说明的问题,这不是一个短期过程,需要锻炼自己的耐心。例如我所研究的课题为细菌对钨的一个抗性机理,我的思路为元素进入胞内、胞内储存、胞外排出,这三个主要过程,因此先查阅文献找寻钨和这三个过程相关的基因,再在云平台上看是否有显著性表达,最后说明问题。此外还有另一个思路,比如KEGG富集结果说明某通路显著富集,然后去查阅文献找到该通路与钨解毒存在的联系,继而说明问题。可见转录组学分析不仅仅是呈现一个数据统计的结果,更主要是将结果与研究目的融合的过程。分析方法B站和云平台都有,更为重要的是查阅文献。大家可参考我的毕业论文的思路去分析。
核磁共振()
10 月 之前
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微生物多样性分析(罗子佩)
10 月 之前
2
同步辐射XAFS
10 月 之前
同步辐射教程见B站UP主:担子菌的担担面。然后建议阅读五十篇左右相关领域的XAS分析技术。
软件用Demeter,B站方式视频里面有讲。
XPS分析
10 月 之前
XPS分析用XPS peak软件或者XPS case软件,具体分析方法可以去B站学习(search.bilibili.com/all?keyword=XPS&from_source=webtop_search&spm_id_from=333.1007&search_source=5)
Visual Minteq
10 月 之前
其他教学网站:www.southcivil.com/3776.html;https://zhuanlan.zhihu.com/p/567910212;官方有一个全英文的讲解视频(https://www.bilibili.com/video/BV1rz4y167VD/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=49528b04113f08673e9fab838a258d57),视频把几乎所有有关该软件的操作都讲了。建议看完视频后再去看十篇该软件相关的英文文献。
溶液形态、饱和指数计算:输入pH、Eh、离子浓度等等,在结果栏就有饱和指数结果出现,视频有部分讲解
pH-logc:主要参考文献Geochimica et Cosmochimica Acta 333 (2022) 308–332,主要运用“Solid phases and excluded species”模块。
TEM
10 月 之前
看是要重点拍形貌、衍射,还是能谱,一般形貌和衍射没啥问题,能谱建议和客服对接好后,反复确认好是不是能谱是高精度的,钨的话,一般1000mg/kg,扫出来感觉是没啥问题,能谱是原子序数越靠后,精度越高。
教程:能谱直接放原图,衍射和形貌直接到B站上去找分析方法,有一大堆
SEM-EDS
10 月 之前
建议去指南针线下测试,测试点有两天仪器,蔡司的仪器拍形貌好一点,另一台拍形态分辨率差一点,但是能谱效果好一点。
EEM(李伟峻)
10 月 之前
2
DFT计算
10 月 之前
软件:主要有Material studio和Gaussian 09, Gaussian 16,CKP2和VASP,目前发论文还是Gaussian,CKP2和VASP用的比较多
教程:基本的理论可以参考计算化学公社网站(bbs.keinsci.com/forum.php),该网站基本上把所有的理论都讲了。
高斯学习网站:search.bilibili.com/all?keyword=%E9%AB%98%E6%96%AF09&from_source=webtop_search&spm_id_from=333.1007&search_source=5
Material studio学习网站:search.bilibili.com/all?keyword=Material+studio&from_source=webtop_search&spm_id_from=333.1007&search_source=5
CKP2和VASP要Window系统用不了,要linux系统,假如想要专业搞DFT,建议弄一台一百多核,内存一百多GB的Linux系统电脑。
假如想要完全学会,阅读相关领域论文五十篇左右还是很重要